Dehydrieren
In diesem Schritt wird der Probe stufenweise Wasser entzogen und durch ein organisches Lösungsmittel, wie Ethanol, Propylenoxid oder Aceton ersetzt. Diese Lösungsmittel haben eine geringere Oberflächenspannung und substituieren das Wasser unter Erhalt der biologischen Struktur. Ohne diesen Lösungsmittelaustausch käme es zu starken Trocknungsartfakten durch Schrumpfung der Probe. Der Schritt der Dehydrierung ist auch darum von Bedeutung, weil sich das Harz (z.B. Epon) für die Einbettung nicht mit Wasser mischen lässt und daher im Lösungmittel gelöst infiltriert wird.